Η Μαρία Μηλαπίδου αναγορεύτηκε διδάκτωρ της Νομικής Σχολής ΑΠΘ το 2011. Το Σεπτέμβριο του 2021 ολοκλήρωσε τη μεταδιδακτορική της έρευνα στη Νομική Σχολή ΑΠΘ στο χώρο του Ιατρικού Δικαίου και Βιοηθικής με αντικείμενο τα «Νομικά Ζητήματα στην Αρχή της Ζωής υπό το πρίσμα της νομολογίας του ΕΔΔΑ».
Από τον Ιανουάριο του 2012 διδάσκει σε έξι μεταπτυχιακά προγράμματα της Νομικής και της Ιατρικής Σχολής του ΑΠΘ. Είναι μέλος του Ομίλου Ιατρικού Δικαίου και Βιοηθικής και ιδρυτικό μέλος του Εργαστηρίου Μελέτης Ιατρικού Δικαίου και Βιοηθικής της Νομικής Σχολής ΑΠΘ, του οποίου και ασκεί χρέη Εκτελεστικής Διευθύντριας του από τον Ιανουάριο του 2019.
Έχει συγγράψει δύο μονογραφίες, δύο βιβλία σε συνεργασία με άλλο συγγραφέα και πάνω από 60 μελέτες – σχόλια που έχουν δημοσιευτεί σε νομικά περιοδικά, ελληνικά και ξενόγλωσσα.